पौराणिक कथेनुसार, कदंबवनम येथे देवांचा राजा इंद्र यांनी शोधलेले पवित्र सुयंबुलिंगम त्यांनी मदुराई येथे ठेवले होते. या मंदिरात इंद्राच्या वाहनावर भगवंताचे दर्शन होणे हा त्याचा पुरावा असल्याचे म्हटले जाते. या मंदिराचे इ.स. पूर्वीचे अनेक ऐतिहासिक पुरावे सापडले आहेत. मलिष्कापूरच्या आक्रमणानंतर १३१० मध्ये मंदिर जवळजवळ पूर्णपणे नष्ट झाले होते. इस्लामचे अनुयायी असलेले राजे इतर धर्मांबद्दल असहिष्णुतेसाठी प्रख्यात होते. आक्रमणकर्त्यांनी मंदिरातील बहुतेक प्राचीन शिल्पे नष्ट केली होता.
थिरुगनसंबंदर या हिंदू संताने आपल्या गाण्यांमध्ये मंदिराचा उल्लेख केला आहे. जो ७ व्या शतकाच्या पूर्वार्धात आहे. त्यांच्या गाण्यांमध्ये परमेश्वराचे वर्णन अलवाई इरायवन असे करण्यात आले आहे. १४ व्या शतकाच्या उत्तरार्धात जेव्हा मदुराईमध्ये हिंदू राजे पुन्हा सत्तेवर आले तेव्हा मंदिराला त्याच्या मूळ वैभवात पुनर्संचयित केले गेले. मंदिराचा इतिहास म्हणजे जेव्हा ते पुन्हा बांधले गेले तेव्हा मंदिराच्या नवीन स्वरूपाच्या बांधकामात राजा थिरुमलाई नायकर यांनी महत्त्वाची भूमिका बजावली. मदुराई मीनाक्षी अम्मान मंदिर आता तामिळनाडूच्या एचआर आणि सीई विभागाच्या अखत्यारीत आहे. या मंदिराला एकूण पाच प्रवेशद्वार आहेत.
येथे होणारे उत्सव :
चैत्र :- चित्राय ब्रहमोस्तवम् – अरुमिगु थिरुक्कल्यानम्
वैशाख :- वसंत महोत्सव
ज्येष्ठ :- उंजाळ सण
आषाढ :- मुलई कोट्टू महोत्सव
श्रावण :- पुट्टुक्कु मनसुमंथ लीला उत्सव
भाद्रपद :- नवरात्रोत्सव
अश्विन :- कोलत्तम उत्सव
कार्तिक :- कोलत्तम उत्सव
मार्गशिर्ष :- थिरुवेम्बवई आणि थिरुप्पवई उत्सव.
पौष :- मरियमम्न मंदिरातला थेप्पोत्सव.
माघ :- ४८ दिवसांचा मंडला उत्सव.
फाल्गुन :- समर वसंतम उत्सव
मंदिरातील देवता:
पूर्वीच्या काळात या पवित्र मंदिरातील देवता चोकनाथर आणि चोकलिंग पेरुमल या नावाने ओळखल्या जायच्या. आता ही देवता सुंदरेश्वर, मीनाक्षी सुंदरार, सोमसुंदरार, कल्याण सुंदरर, शानबागा सुंदरार, अट्टावई शेवगन, चोक्कलिंगम, अडियार्कू नालन, अधीरवेसी, विलादुवन, अभिदेका चोकर, अझागिया चोकर, कदंबवनार चोकर, कदंबवानर चोकर, चोकलिंगम या नावाने ओळखली जाते.
मंदिरातील पवित्र तलाव :
या ठिकाणी असलेल्या तलावात इंद्राची पूजा करण्यासाठी सुवर्ण कमळ फुलले होते. या तलावाला आदि तीर्थम, शिवगंगा आणि उथामा तीर्थम असेही म्हणतात. हा तलाव मंदिराच्या परिसरात आहे. हे तीर्थम भगवान शिवपेरुमन यांनी नंदी आणि इतर देवतांच्या विनंतीला मान देऊन पृथ्वीवर आपला सुलम (तीन भाला) टाकून तयार केले होते, असे सांगितले जाते. परमेश्वराने सारसला दिलेल्या वरदानानुसार, आजपर्यंत या चमत्कारिक पवित्र तलावात एकही मासा किंवा इतर जीव आढळले नाहीत.
चित्रे:
तिरुविलयादल किंवा भगवान शंकराच्या चमत्कारिक नाटकांच्या घटनांचे वर्णन करणारी रेखाचित्रे नायकर काळातील आहेत. भगवान शंकराच्या ६४ चमत्कारांचे चित्रण करणारी चित्रे इथे आहेत. सोनेरी कमळा असलेल्या तलावाच्या पोत्तमराय कुलमकडे तोंड करून उत्तरेकडील भिंतीवर ही सौंदर्यपूर्ण रेखाचित्रे दिसतात. या रेखाचित्रांना सध्या २६.२५ लाख रुपये खर्चून नैसर्गिक रंग वापरून नवीन रूप दिले जात आहे. त्याचप्रमाणे थिरुझुकूत्रीक्काई रेखाचित्रे, पंचक्कसाभाई रेखाचित्रे, पंचक्कसाभाई रेखाचित्रे, स्वर्ग आणि पृथ्वीचे रेखाचित्रेही येथे पहायला मिळतात.
मंदिराची रचना:
मंदिरात चार भव्य बुरुज आहेत. भगवान शंकराच्या गाभाऱ्याच्या वर पाच बुरुज आहेत, देवीच्या गाभाऱ्याच्या वर तीन आणि दोन सोन्याचे बुरुज. या सर्वांची रचना आणि शिल्पकला उत्कृष्टपणे केली गेली आहे. तसेच याठिकाणी मीनाक्षी नायकर मंडप, मुथुपिल्लई मंडप, सर्वाइकर मंडप, मुथुरामय्यार मंडप, नगारा मंडप, थेराडी मंडप असे अनेक हॉल पहायला मिळतील.
दगडी शिलालेख:
सुंदरेश्वर मंदिर आणि मीनाक्षी अम्मा मंदिराच्या कॉरिडॉरच्या भिंतींवर सुमारे ४४ दगडी शिलालेख आहेत. या शिलालेखांमध्ये मंदिरासाठी दान केलेल्या जमिनी, पूजेसाठीचे विधी, नेवेथ्याम करण्यासाठी वापरल्या जाणार्या लेखांची यादी, प्राचीन काळातील लोकांची धार्मिक स्थिती, सरकारी कार्यपद्धती आणि सामाजिक सवयी अशा अनेक गोष्टींचा तपशील यात आहे.